Re: [Seqan-dev] Allgemeine Scores verwenden?

[Robert Steinfelder <rsteinfelder@uni-bielefeld.de>]

Hallo Tobias,

> In ./seqan/score/score_base.h ist das Interface der Score-Objekte
> definiert.
>
> score(TScore&, TPos1, TPos2, TSeq1&, TSeq2&)
>[...]
> Das Interface erlaubt ein position-dependent scoring, deshalb werden
> immer die beiden Sequenzen und die 2 Positionen uebergeben und Scoreobjekt.
> Das funktioniert auf Score<int, Simple>, Blosum62, etc.
>
> Vielleicht kannst du das Interface auch verwenden.

Das Problem ist, dass ich ja ein Align<...> Objekt mit einem String 
vergleiche. Ich habe die genaue Position im Alignment, jedoch ist die 
Scorefunktion wohl so geschrieben, dass ich nur Sequenzen dort reinstecken 
kann.
Krieg ich eine Zeile aus einem Alignment in ein String konvertiert, also gibt 
es dafür eine Funktion?

ein on-the-fly auslesen und in einen String stecken ist vom rechenaufwand zu 
teuer (das auslesen des Scores geschieht in geschachtelten Schleifen).

Gruß,
 Robert