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Re: [Seqan-dev] Scoring mit Blosum62

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Hallo Hannes,
bin jetzt wieder zurück. Der Fehler unten kommt von unterschiedlichen Typen (verschiedene TSpecs) deiner Score-Objekte blastNScoring und blastPScoring, die nicht ineinander konvertiert werden können. Versuch den Einzeiler in 2 Zeilen zu schreiben, dann sollte es gehen. 

Gruß,
David

Hannes Hauswedell schrieb:

Hallo wieder!

bez. der lokal/semi-global-Frage warte ich auf Antwort von David.
Ich bin gerade an dem BLASTX-Modus meiner Bachelor-Arbeit. Dabei komme ich nicht weiter. Ich möchte einfach mit einer Blosum62 ein Alignment scoren, dazu benutze ich als Aufruf (jenach Option wird hier das Nucleotide oder das Protein-Scoring verwendet): 


int score = globalAlignment(align,
                            (options.blastMode == 1)
                              ? options.blastNScoring
                              : options.blastPScoring,
                            Gotoh());
Vorher habe ich das nur mit blastNScoring gemacht, problemlos. BlastNScoring ist vom Typ Score<int>, BlastPScoring ist vom Typ Blosum62. 
Der Compiler spuckt dabei als Fehler aus:
/usr/include/c++/4.2/bits/stl_algobase.h:283: error: cannot convert 'seqan::Score<int, seqan::Simple>' to 'char' in assignment 

Die etwas längeren Vorlauf habe ich angehangen.

Danke für Tipps!

Gruß,
Hannes
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