Re: [Seqan-dev] Scoring mit Blosum62

[David Weese <weese@inf.fu-berlin.de>]

Hallo Hannes,

bin jetzt wieder zurück. Der Fehler unten kommt von unterschiedlichen 
Typen (verschiedene TSpecs) deiner Score-Objekte blastNScoring und 
blastPScoring, die nicht ineinander konvertiert werden können. Versuch 
den Einzeiler in 2 Zeilen zu schreiben, dann sollte es gehen.

Gruß,
David

Hannes Hauswedell schrieb:
> Hallo wieder!
>
> bez. der lokal/semi-global-Frage warte ich auf Antwort von David.
>
> Ich bin gerade an dem BLASTX-Modus meiner Bachelor-Arbeit. Dabei komme 
> ich nicht weiter. Ich möchte einfach mit einer Blosum62 ein Alignment 
> scoren, dazu benutze ich als Aufruf (jenach Option wird hier das 
> Nucleotide oder das Protein-Scoring verwendet):
>
>
> int score = globalAlignment(align,
>                             (options.blastMode == 1)
>                               ? options.blastNScoring
>                               : options.blastPScoring,
>                             Gotoh());
>
> Vorher habe ich das nur mit blastNScoring gemacht, problemlos. 
> BlastNScoring ist vom Typ Score<int>, BlastPScoring ist vom Typ 
> Blosum62. 
>
> Der Compiler spuckt dabei als Fehler aus:
>
> /usr/include/c++/4.2/bits/stl_algobase.h:283: error: cannot convert 
> 'seqan::Score<int, seqan::Simple>' to 'char' in assignment
>
> Die etwas längeren Vorlauf habe ich angehangen.
>
> Danke für Tipps!
>
> Gruß,
> Hannes
>   
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