[Seqan-dev] Übersetzung DNA(5) -> AA

[Hannes Hauswedell <hauswedell@mi.fu-berlin.de>]

Hallo *,

ich arbeite gerade am BLASTX-Modus für RazerBlastS, meinem BA-Projekt. 
Dazu muss ich einen DNA-String in einen Aminosäure-String konvertieren.

Ich hatte gehofft, das platzsparend durch einen Funktor realisieren zu 
können, der DNA[3] in AminoAcid[1] übersetzt. Dann könnte ich sogar 
einfach zwei Suffixe der Quelle reinstecken und hätte alle drei Reading-
Frames ohne mehr Platz abgedeckt. 

Leider gestaltet sich das etwa schwieriger als gedacht, ModView<> 
scheint nur für char2char-Translations geeignet. Ob ModifiedString<> 
überhaupt dafür zu gebrauchen ist, konnte ich bis jetzt noch nicht 
rausfinden.

Kann mir da jemand weiterhelfen? Ich hab schon diverses versucht, brauch 
aber als Ergebnis unbedingt etwas, was sich auch ansonsten wie ein 
String<AminoAcid> verhält :/

Vielen Dank für Ihre/eure Hilfe,
Hannes

P.S: Ich habe auch relativ lange in der Doku gesucht, weil ich 
eigentlich dachte, Seqan müsste sowas haben. Ist Translation nicht etwas 
oft benutztes?