[Seqan-dev] Lokales Banded-Alignment

[Hannes Hauswedell <hauswedell@mi.fu-berlin.de>]

Hallo David und andere,

ich versuche bei mir ein lokales Banded-Alignment mit Gotoh zu machen. 
Dafür benutzte ich bis jetzt:

TScoreValue myScore = globalAlignment(result_frags, pairSet,
                                      options.blastScoring,
                                      AlignConfig<true,true,true,true>(),
                                      diagLow, diagHigh,
                                      BandedGotoh() );

Das Problem hierbei ist, das auch mit dieser AlignConfig, das Max nur in 
letzter Zeile und Spalte, nicht aber "mittendrin" gesucht wird (die 
Funktion ist schließlich "globalAlignment").
Ich könnte natürlich von Beginn des ersten Fragments bis zum Ende des 
letzten nochmal global scoren, aber das ist ein extra Aufruf, der das 
Gesamte noch weiter bremst (dieser Funktionsaufruf ist jetzt schon der 
Bottleneck).

localAlignment() kann ich dafür nicht verwenden, weil das kein Gotoh und 
erst Recht kein BandedGotoh unterstützt.

Was kann man da tun? Käme ich im Nachhinein noch an den Score an der 
Stelle x,y in der DP-Matrix dran? x,y wäre hierbei das Ende des letzten 
Fragments (bzw. wegen reverser Orientierung, des ersten).

Vielen Dank,
Hannes