Re: [Seqan-dev] Lokales Banded-Alignment

["Rausch, Tobias" <Tobias.Rausch@fu-berlin.de>]

Hallo Hannes,

> Käme ich im Nachhinein noch an den Score an der Stelle x,y in der DP-Matrix dran? 

Leider nein, Gotoh, BandedGotoh & Co. speichern alle immer nur eine Spalte bei der Berechnung um Memory zu sparen.

> localAlignment() kann ich dafür nicht verwenden, weil das kein Gotoh und erst Recht kein BandedGotoh unterstützt.

Der SmithWaterman hinter dem localAlignment() verwendet lineare Gapkosten ist also ein "Gotoh-Style" Algorithmus.
Was in der Tat noch fehlt in SeqAn ist ein BandedSmithWaterman.

> Das Problem hierbei ist, das auch mit dieser AlignConfig, das 
> Max nur in letzter Zeile und Spalte, nicht aber "mittendrin" 
> gesucht wird (die Funktion ist schließlich "globalAlignment").

Ja stimmt, was du vermutlich brauchst ist der BandedSmithWaterman und den gibt es leider noch nicht, sorry.

David kennt deine Aufgabe besser, insofern hat der vielleicht noch eine Idee dazu.

Grüße,
Tobias



> -----Ursprüngliche Nachricht-----
> Von: seqan-dev-bounces@lists.fu-berlin.de 
> [mailto:seqan-dev-bounces@lists.fu-berlin.de] Im Auftrag von 
> Hannes Hauswedell
> Gesendet: Tuesday, August 18, 2009 1:09 AM
> An: David Weese
> Cc: seqan-dev@lists.fu-berlin.de
> Betreff: [Seqan-dev] Lokales Banded-Alignment
> 
> Hallo David und andere,
> 
> ich versuche bei mir ein lokales Banded-Alignment mit Gotoh 
> zu machen. 
> Dafür benutzte ich bis jetzt:
> 
> TScoreValue myScore = globalAlignment(result_frags, pairSet,
>                                       options.blastScoring,
>                                       
> AlignConfig<true,true,true,true>(),
>                                       diagLow, diagHigh,
>                                       BandedGotoh() );
> 
> Das Problem hierbei ist, das auch mit dieser AlignConfig, das 
> Max nur in letzter Zeile und Spalte, nicht aber "mittendrin" 
> gesucht wird (die Funktion ist schließlich "globalAlignment").
> Ich könnte natürlich von Beginn des ersten Fragments bis zum 
> Ende des letzten nochmal global scoren, aber das ist ein 
> extra Aufruf, der das Gesamte noch weiter bremst (dieser 
> Funktionsaufruf ist jetzt schon der Bottleneck).
> 
> localAlignment() kann ich dafür nicht verwenden, weil das 
> kein Gotoh und erst Recht kein BandedGotoh unterstützt.
> 
> Was kann man da tun? Käme ich im Nachhinein noch an den Score 
> an der Stelle x,y in der DP-Matrix dran? x,y wäre hierbei das 
> Ende des letzten Fragments (bzw. wegen reverser Orientierung, 
> des ersten).
> 
> Vielen Dank,
> Hannes
> 
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> https://lists.fu-berlin.de/listinfo/seqan-dev
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