Re: [Seqan-dev] Allgemeine Scores verwenden?
Hallo Robert,
In ./seqan/score/score_base.h ist das Interface der Score-Objekte definiert.
score(TScore&, TPos1, TPos2, TSeq1&, TSeq2&)
scoreGapOpenHorizontal(TScore&, TPos1, TPos2, TSeq1&, TSeq2&)
scoreGapExtendHorizontal(TScore&, TPos1, TPos2, TSeq1&, TSeq2&)
scoreGapOpenVertical(TScore&, TPos1, TPos2, TSeq1&, TSeq2&)
scoreGapExtendVertical(TScore&, TPos1, TPos2, TSeq1&, TSeq2&)
Das Interface erlaubt ein position-dependent scoring, deshalb werden
immer die beiden Sequenzen und die 2 Positionen uebergeben und Scoreobjekt. Das funktioniert
auf Score<int, Simple>, Blosum62, etc.
Vielleicht kannst du das Interface auch verwenden.
Grüße, Tobias
> -----Ursprüngliche Nachricht-----
> Von: seqan-dev-bounces@lists.fu-berlin.de
> [mailto:seqan-dev-bounces@lists.fu-berlin.de] Im Auftrag von
> Robert Steinfelder
> Gesendet: Thursday, August 20, 2009 3:58 PM
> An: seqan-dev@lists.fu-berlin.de
> Betreff: [Seqan-dev] Allgemeine Scores verwenden?
>
> Hallo,
>
> ich habe einen Algorithmus in SeqAn implementiert. Dieser
> soll anhand einer ScoreMatrix, einem Alignment und einer
> Sequenz einen Ähnlichkeitsscore zurückliefern. Derzeit
> funktioniert dieser aber nur mit einfachen Scores
> (Mis-/Match, GapOpen, GapExtension), aber nicht mit z.B.
> einer Blosum62.
>
> Wie kann man allgemein mit komplexeren Scores arbeiten?
>
>
> Gruß,
> Robert Steinfelder
>
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