Re: [Seqan-dev] Allgemeine Scores verwenden?

["Rausch, Tobias" <Tobias.Rausch@fu-berlin.de>]

Hallo Robert,

In ./seqan/score/score_base.h ist das Interface der Score-Objekte definiert.

score(TScore&, TPos1, TPos2, TSeq1&, TSeq2&)
scoreGapOpenHorizontal(TScore&, TPos1, TPos2, TSeq1&, TSeq2&)
scoreGapExtendHorizontal(TScore&, TPos1, TPos2, TSeq1&, TSeq2&)
scoreGapOpenVertical(TScore&, TPos1, TPos2, TSeq1&, TSeq2&)
scoreGapExtendVertical(TScore&, TPos1, TPos2, TSeq1&, TSeq2&)

Das Interface erlaubt ein position-dependent scoring, deshalb werden
immer die beiden Sequenzen und die 2 Positionen uebergeben und Scoreobjekt. Das funktioniert
auf Score<int, Simple>, Blosum62, etc.

Vielleicht kannst du das Interface auch verwenden.

Grüße, Tobias



> -----Ursprüngliche Nachricht-----
> Von: seqan-dev-bounces@lists.fu-berlin.de 
> [mailto:seqan-dev-bounces@lists.fu-berlin.de] Im Auftrag von 
> Robert Steinfelder
> Gesendet: Thursday, August 20, 2009 3:58 PM
> An: seqan-dev@lists.fu-berlin.de
> Betreff: [Seqan-dev] Allgemeine Scores verwenden?
> 
> Hallo,
> 
> ich habe einen Algorithmus in SeqAn implementiert. Dieser 
> soll anhand einer ScoreMatrix, einem Alignment und einer 
> Sequenz einen Ähnlichkeitsscore zurückliefern. Derzeit 
> funktioniert dieser aber nur mit einfachen Scores 
> (Mis-/Match, GapOpen, GapExtension), aber nicht mit z.B. 
> einer Blosum62.
> 
> Wie kann man allgemein mit komplexeren Scores arbeiten?
> 
> 
> Gruß,
> Robert Steinfelder
> 
> _______________________________________________
> seqan-dev mailing list
> seqan-dev@lists.fu-berlin.de
> https://lists.fu-berlin.de/listinfo/seqan-dev
>