Re: [Seqan-dev] Allgemeine Scores verwenden?
Hallo Tobias,
> In ./seqan/score/score_base.h ist das Interface der Score-Objekte
> definiert.
>
> score(TScore&, TPos1, TPos2, TSeq1&, TSeq2&)
>[...]
> Das Interface erlaubt ein position-dependent scoring, deshalb werden
> immer die beiden Sequenzen und die 2 Positionen uebergeben und Scoreobjekt.
> Das funktioniert auf Score<int, Simple>, Blosum62, etc.
>
> Vielleicht kannst du das Interface auch verwenden.
Das Problem ist, dass ich ja ein Align<...> Objekt mit einem String
vergleiche. Ich habe die genaue Position im Alignment, jedoch ist die
Scorefunktion wohl so geschrieben, dass ich nur Sequenzen dort reinstecken
kann.
Krieg ich eine Zeile aus einem Alignment in ein String konvertiert, also gibt
es dafür eine Funktion?
ein on-the-fly auslesen und in einen String stecken ist vom rechenaufwand zu
teuer (das auslesen des Scores geschieht in geschachtelten Schleifen).
Gruß,
Robert
